In der Saison 1990/91 wird die letzte eigenständige Meisterschaft in den neuen Bundesländern ausgetragen. Diese Saison ist für alle ehemaligen DDR-Oberligamannschaften von Bedeutung, geht es doch um die Qualifikation für die 1. und 2. Bundesliga. 
Die beiden ersten der Meisterschaft werden künftig in der 1. Bundesliga spielen. 
Die Teams von Platz 3 bis 6 steigen in die 2. Bundesliga auf.
Die Plätze 7 bis 12 spielten in zwei separaten Aufstiegsrunden zwei weitere Aufsteiger aus.
Auch beim FC Berlin blickt man optimistisch in die Saison und hofft sich zumindest sich für die 2. Bundesliga zu qualifizieren. Aber schon nach einigen Spielen wird klar, dass dieses Ziel sehr schwer zu erreichen sein wird. Ohne Spieler wie Thomas Doll, Frank Rohde und Rainer Ernst, sowie Jungtalent Rene Rydlewicz steckt der Club von Beginn an am Tabellenende. Erst am 6. Spieltag gelingt der erste Sieg und dennoch behält man die Rote Laterne. Erst am letzten Spieltag der Hinrunde gibt man den letzten Tabellenplatz, Dank des Heimsieges gegen Victoria Frankfurt/O., an den FC Sachsen Leipzig ab.
In der Winterpause wird der ehemalige und 1989 verabschiedete Meistertrainer Jürgen Bogs zurückgeholt. Aber auch er schafft das unmögliche nicht mehr, aber zumindest führt er das Team noch in die Aufstiegsrunde zur 2. Bundesliga.
In der Aufstiegrunde scheitert die Mannschaft dann aber knapp und erst am letzten Spieltag im Fernduell gegen das Stahl-Feuer aus Brandenburg.